Dans Phantom Brave: The Lost Hero, suivez Marona, une jeune fille possédant la capacité de parler aux Phantoms, embarquant sur les océans du monde d’Ivoire pour offrir son aide à ceux dans le besoin. Mais lorsqu'un bateau fantôme et sa flotte d’esprits l’attaque, c’est à Marona et sa nouvelle amie Abricot de rassembler l’équipage légendaire ayant autrefois vaincu ces pirates fantômes. Recrutez des Phantoms, liez leurs âmes à des objets, combinez-les à des gadgets et fusionnez-les même avec Marona pour déclencher des attaques dévastatrices, et même faire couler une flotte de naufragés !