La Section 6, dirigée par Hoshimi Miyabi, est une escouade d'élite spécialisée dans la gestion des catastrophes liées aux Néantres. Dans la version 1.3, les proxys travailleront aux côtés de plusieurs membres de la Section 6, comme Tsukishiro Yanagi, pour mener à bien une opération commanditée par l'AIN. Maintenant que le « Tour de l'enfer » est terminé, la célébration des « Jours du règlement de comptes » est sur le point de commencer dans la couronne extérieure. Au cours de ces journées, les proxys pourront s'imprégner de l'atmosphère trépidante de l'événement tout en savourant le goût de la victoire avec Lighter. En plus du scénario principal, les joueurs pourront en apprendre plus sur l'histoire de Yanagi et contrôler Lighter dans un mode de combat à défilement latéral dans les épisodes spéciaux dédiés à ces personnages.

Qui dit nouveaux chapitres dit nouveaux alliés. Yanagi, la seconde en chef de la Section 6, est un personnage de type Électrique et Anomalie de rang S qui peut infliger rapidement de l'accumulation d'anomalie et augmenter les dégâts de Dysfonctionnement de toute l'escouade. Grâce à sa Naginata, l'attaque spéciale EX de Yanagi déclenche un Dysfonctionnement polarisé supplémentaire qui peut infliger des dégâts explosifs aux ennemis en un rien de temps. L'autre personnage de rang S est Lighter, le puissant Champion des Fils de Calydon. Il est de type Feu et Confusion, et frappe ses adversaires avec ses poings pour augmenter son Moral et étourdir les ennemis tout en diminuant leur résistance à la Glace et au Feu. Lorsque son Moral atteint un certain seuil, ses capacités et compétences sont renforcées. De plus, deux nouveaux Bangbous de rang A, Voyoubou et Excalibou, seront ajoutés lors des mises à jour de la version.

Afin d'offrir aux joueurs des expériences de jeu plus diversifiées, Zenless Zone Zero propose deux nouveaux modes de jeu : Le mystère de la Faille de l'Arpège et l'Épreuve de combat simulé. Le mode de jeu rogue-like, Le mystère de la Faille de l'Arpège, comprendra cinq chapitres, chacun d'entre eux générant des zones aléatoires avec des résonia et des ressources au hasard sur le damier que les joueurs pourront explorer. En accomplissant les défis, les joueurs pourront recevoir tout un éventail de récompenses en jeu, notamment Excalibou. De plus, les joueurs pourront mettre à l'épreuve leurs compétences de combat dans un autre tournoi éliminatoire, l'Épreuve de combat simulé. Plus vous grimpez les étages de la tour, plus les ennemis deviendront redoutables. En atteignant certains étages, les joueurs pourront obtenir des polychromes, ainsi que des badges qui pourront être affichés sur votre profil personnel avec la nouvelle rubrique Titre ajoutée dans la version 1.3.

De plus, de nombreuses optimisations seront implémentées dans la version 1.3. Les fonctions et l'interface du Compendium, ainsi que les systèmes de progression et d'avancement des personnages seront optimisés pour permettre aux joueurs de progresser plus facilement dans le jeu. Les joueurs pourront également décorer l'étage de Random Play avec les figurines et jouets qu'ils pourront acheter au Sān-Z STUDIO sur la place Lumina. Des événements à durée limitée tels que Mêlée sur champ de bataille virtuel et Des sandwichs à votre porte seront bientôt lancés, avec de nombreuses récompenses en jeu à la clé.