Lors de ces combats, toute tentative d’attaque (sans passer par des bombes) consommera des points d’esprit. Il est donc primordial de surveiller votre barre d’esprit à la fin de chaque tour. Une mauvaise gestion de l’esprit aura des conséquences catastrophiques en combat. De plus, passé un certain stade du jeu, votre navire disposera d’un super canon, très puissant donc, mais gros consommateur de point d’esprit.
Le gain d’esprit est légèrement différent des combats terrestres. À chaque tour, l’esprit du navire s’ajoutera à celui de l’équipe. Vous aurez donc plus d’ES par tour que dans un combat terrestre. De plus, à chaque action « focus », l’esprit du navire s’ajoutera aussi à l’esprit gagné par la personne qui effectue l’action. Vous gagnerez donc des ES beaucoup plus rapidement.
En ce qui concerne le déroulement des batailles, vous disposez des mêmes options que dans un combat terrestre fuite, garde, attaque, magie, esprit. Lorsque vous aurez votre propre navire, une nouvelle commande apparaîtra : la commande équipage.

Cette grille représente vous permet de choisir les actions à effectuer au cours du tour qui va se dérouler. Il y a une entrée (ligne) pour chaque membre de votre équipe. Les cases sur la ligne au dessus de celle de Vyse représentent les opportunités d’attaque liées aux mouvements des navires engagés dans le combat.
Il existe deux types d’informations : la couleur du fond de la case et parfois un symbole.

Il y a deux types de symboles : les symboles C ! et les super canon.
Une case contenant le symbole C! vous informe que vos attaques seront plus efficace à ce moment.
Une case à l’effigie du canon harpon ou du canon gigas vous indique une opportunité d’utiliser votre super canon.

Les cases peuvent prendre trois types de couleur : vert, jaune ou rouge.
Une case verte n’avantage personne. Les dégâts infligés seront normaux pour les deux combattants.
Une case jaune signifie que votre adversaire infligera des dégâts plus important. (en gros, la grille de votre adversaire montre un C! à cet endroit) Vous pouvez aussi y voir une indication sur la position de votre adversaire : autour d’une case jaune, il y a de fortes chance que votre ennemi se situe derrière vous, donc hors de portée de vos canons.
Une case rouge signifie que votre adversaire peut et (le plus souvent) va lancer une grosse attaque (l’équivalent de son super canon)
Dans certains endroits où la visibilité est très faible, la grille de combat n’affichera que des cases noires. Cela signifie que personne n’est avantagé, mais aussi que la précision des deux adversaires est réduite.

Canons principaux :
Ces canons ne peuvent tirer qu’une fois par tour. Par rapport aux autres canons, ils disposent de statistiques plutôt faibles à première vue mais ne vous fiez pas ! Contrairement aux autres canons, la puissance d’attaque du tireur s’ajoute à celle des canons principaux. Cela les rend bien plus efficaces que les autres. (en dehors des super canons) Pour infliger de plus gros dégâts, préférez faire tirer Vyse ou Drachma.

Canons secondaires :
Ce sont les canons les moins puissants, en contrepartie ils dépensent moins d’esprit. Ils infligent les même dégâts quel que soit le tireur, mais ils permettent de tirer sur plusieurs cases de suite en ne consommant que la première case. En tirant avec un autre canon, cela permet de déclencher plusieurs tirs sur une seule case.

Torpilles :
Plus puissantes que les canons secondaires, les torpilles infligent des dégâts indépendamment du tireur. Leur particularité est de différer le moment du tir de celui de l’explosion. Vous les tirez sur une case puis vous choisissez à quel moment elles vont toucher leur cible. Cela permet de maximiser les dégâts sur case C !.

Super canon :
Ces canons sont les plus destructeurs à votre disposition. Ils consomment par contre une grosse quantité de point d’esprit. (15 pour le canon harpon et 20 pour le canon gigas) Faites tirer les membres les plus forts de votre équipage pour des dégâts maximum. Malheureusement, vous ne pourrez les utiliser que lors de cases particulières. L’apparition de ces cases dépend des affrontements et de vos choix lors des combats.

Les canons ne sont pas votre seule option. Vous pouvez utiliser la magie ou des objets pour attaquer mais surtout pour vous soigner et vous renforcer. Rappelez-vous tout de même que l’utilisation de la magie consomme aussi un point de magie au lanceur à chaque fois qu’elle est utilisée.