En entrant dans la base des Brutes, vous entendrez un enregistrement des voix de Sera, Cielo et Argilla, dans un contexte « normal » (ils parlent d'aller à la plage). Mais un ennemi invisible détruit la source du bruit. Vous vous retrouvez dans la base, et trois sphères lévitent devant vous. Il y a un Grand Karma Terminal à l'étage, commencez par là. Les sphères servent à débloquer les trois parties du donjon, vous pouvez les faire dans l'ordre que vous voulez.

Allez vers l'Ouest du donjon, montez l'escalier. Avancez un peu et prenez la première à gauche pour trouver deux oeufs (Revival Gem et Dekaja Rock). Dans la pièce suivante, il y a un Petit Karma Terminal. Avancez tout simplement un peu plus loin pour tomber sur le Boss.

Après l'avoir vaincu, retournez dans le Hall et prenez la porte au Nord-Est, vous trouverez un mur jaune conduisant à l'un des 4 dragons plus tard dans le jeu, ainsi qu'un Soma. Prenez la porte au Nord-Ouest, dans le Hall, pour être téléporté et trouver un point de sauvegarde, ainsi qu'une Logic Cell et un Attack Mirror.

Allez vers l'Est, montez l'escalier. Prenez la deuxième à gauche et allez tout droit pour trouver un Petit Karma Terminal. Prenez à présent le couloir central, et avancez droit au Boss.

Entrez par la porte au Nord-Est. Vous serez téléporté. Allez dans le petit couloir, et prenez la porte au fond. Traversez la cuisine, examinez sous la table pour trouver un Odd Morsel et un Soma, et vous arriverez à un escalier. Sauvegardez, il y a un Petit Karma Terminal en haut. Vous trouverez un mur rouge (Fusion Cell) un peu plus loin, et le couloir qui mène au Boss.

Explorez un peu cette partie du donjon à présent, vous y trouverez un H-Chest piégé déclenchant un combat contre deux Titania (vous obtiendrez un Dekaja Rock à la fin du combat). Dans la salle juste en face de ce H-Chest, il y en a un autre qui empoisonne toute l'équipe, puis un peu plus loin il y a un troisième H-Chest contenant une Theory Cell. En face, une pièce contenant un Magic Mirror dans un œuf. Retournez dans le Hall, et prenez la porte au Nord- Est pour être téléporté, puis reprenez la une nouvelle fois pour être envoyé ailleurs. Entrez par la première porte que vous voyez et vous serez téléporté une fois de plus. En avançant un peu, vous trouverez une bibliothèque, où vous attendent un Attack Mirror et une Logic Cell. Revenez au Hall d'entrée.

Une fois les trois mini-boss éliminés, cette sphère apparaît. Activez-la. Entrez par la porte au Nord-Ouest et allez jusqu'à la porte tout au Nord pour être téléporté. Dans une salle un peu plus loin il y a un H-Chest contenant une Fusion Cell. Faîtes demi-tour, et vous serez téléporté dans le Hall. Prenez la porte à l'Ouest, et vous serez envoyé heu... loin. Reprenez la mais cette fois vous passez de l'autre côté, avancez jusqu'à dépasser la Bibliothèque. Passez une pièce qui n'a qu'une seule porte, et prenez la première à gauche pour sauvegarder. Enfin, prenez la porte au Nord pour descendre un escalier. Vous arrivez dans une sorte de mine, prenez la première à gauche pour récupérer deux MP Noise et une Logic Cell, puis revenez sur vos pas pour prendre l'autre chemin qui conduit à deux HP Noise. Avancez jusqu'au Life Terminal, puis remontez dans la base. Sauvegardez de nouveau, et allez vers l'Ouest. On vous y attend. Une scène intéressante s'ensuit. Varin, invisible, met à terre toute l'équipe, en disant à Serph que même si il le voulait, il ne pourrait jamais oublier son visage. Il demande également à Argilla comment elle peut suivre l'homme qui l'a dévorée, car c'était elle la première à avoir été mangée. Il plaint ensuite à Heat en lui demandant combien de fois il devra mourir pour Sera. Lassé par cette guerre, il décide de vous éliminer pour en finir une bonne fois pour toutes.