Il y a plusieurs endroits cachés sur la carte du monde que vous pouvez trouver grâce à des coordonnées lorsque vous êtes à bord du vaisseau. La fonction recherche vous permet de trouver ces lieux cachés. Pour cela il faut utiliser les fourchettes de coordonnées X et Y. Pointez le curseur sur les coordonnées et appuyez sur croix pour trouver ces régions. Voici la liste de ces lieux :

Temple de Baaj : X = 11-16 / Y = 57-63
Désert de Sanubia : X = 12-16 / Y = 41-45
Cascade de Besaid : X = 29-32 / Y = -76
Ruines de Mi'ihen : X = 33-36 / Y = 55-60
Champ de bataille : X = 39-43 / Y = 55-60
Ruines d'Oméga : X = 69-75 / Y = 33-38

Une fois rendu au Temple de Baaj plongez dans l'eau au nord. En vous dirigeant vers l'entrée du Temple, le premier boss, Geosganeo, que vous avez vu va ressurgir. Tidus, Wakka et Rikku participent à ce combat. Vos 3 combattants devraient plutot avoir des protections contre les effets fossile et mort. Après le combat cherchez bien l'arme ultime de Lulu ainsi que la Chimère Anima (voir les sections les armes des astres antiques et les chimères secrètes).
Le désert de Sanubia vous apporte l'épée Ascalon qui a la compétence PCx2 pour Tidus.
La Cascade de Besaid réserve la Lance Dragoon pour Kimarhi, avec comme compétences Représailles et Contre-Attaque et 2 emplacements libres.
Les Ruines de Mi'ihen vous rapporte l'arme Eclaireuse pour Rikku (Attaque surprise, Atq poison, et un emplacement libre).
Le Champ de bataille réserve à Lulu l'Anneau Spectral (Absorb Glace, Absorb Feu et Absorb Eau).
Les Ruines d'Oméga vous réservent de nouveaux monstres et des quêtes. (voir section Ruines d'Oméga).

Pour aller à certains lieux vous devez posséder des mots de passe. Il n'est pas nécessaire d'avoir lu les indices en Al Bhed pour pouvoir entrer les mots de passe.

God Hand :
A l'extrémité nord de la Vallée (Route des Mycorocs) utilisez le miroir des 7 astres pour ouvrir le coffre contenant l'arme ultime de Rikku, God Hand.
Les indices se trouvent dans les ruines de la section sud de la route de Mi'ihen pour l'un, et l'autre sur les pierres, au nord de la plaine Félicité, où vous découvrez où allez pour le prochain indice (après 3 indices en + vous trouverez le mot de passe par terre).

Victoria :
Suivez le chemin des ruines de Besaid pour voir un coffre contenant la protection Victoria pour Rikku.
Pour ce mot de passe, il suffit de combiner les inscriptions en Al Bhed trouvées dans la Forêt de Kilika et dans le Centre du Désert de Sanubia.

Murasame :
Les ruines de Besaid ont aussi l'épée Murasame d'Auron (MP1).
Le premier indice est sur les piliers des Ruines que visitent Tidus au tout début du jeu. Cet indice vous mène vers une tour paratonnerre du nord de la Plaine Foudroyée. Le deuxième mot de passe est sur le quatrième pilier sur la gauche.