Avant de vous lancer dans cette aventure, et si vous prévoyez d'aller y trouver Ultima et Oméga Mark XII, soyez sûr d'avoir un très bon niveau (aux environs de 90, 99 pour vos 6 personnages est idéal, mais vous ferez de l'expérience en chemin de toute façon). Bien entendu, ayez toutes les magies ultimes, notamment pour le soin, achetez également un maximum d'objets de soin. Prenez avec vous un Bracelet de diamant, car c'est uniquement avec lui que vous devrez ouvrir les coffres du lieu. Il vous faut également avoir battu les 11 premiers éons pour rencontrer Oméga Mark XII.
L'exploration est semblable à celle que vous avez faite durant le scénario, à la différence que les ennemis sont beaucoup plus forts, et que le labyrinthe est réellement inextricable sans un guide. Comme pour la première fois, je donne le chemin plate-forme par plate-forme, en commençant du début du Grand Cristal.
L'exploration se fait en deux parties : Ultima (et l'épée Excalibur), puis Oméga Mark XII (et le Bouclier du zodiaque). Il va sans dire que lorsqu'un chronomètre se déclenche, appuyez sur la touche R2 pour fuir tous les affrontements afin d'arriver à temps à la porte voulue.

Un petit précis concernant le nom des plates-formes du cristal. Tout d'abord, vous remarquez que votre radar a disparu. Malgré tout, appuyez sur Select pour connaître le nom de la plate-forme où vous êtes. Ce noms sont loin d'être aléatoires, et, pour vous aider à vous repérer, voici quelques astuces :
- Gran Trans Ascen : la plate-forme de départ ! Toucher le portail présent vous renverra donc aux Hydro-marches.
- Clavis *** : il s'agit d'une plate-forme avec un piédestal
- Trans Ascen *** ou Trans Descen *** : il s'agit d'une plate-forme avec un portail (monte ou descend dans le cristal suivant le cas)
- Cambr Medulla : plate-forme de sauvegarde

Le cheminement démarre du cristal de sauvegarde situé juste avant Ultima. Vous pouvez atteindre ce portail "facilement" si vous avez déjà l'éon en votre possession en vous téléportant au Portail XX sur la plate-forme Trans Ascen Cambr Ultimus (voir la sixième étape de la partie I).

Vous pouvez utiliser ce cheminement pour retourner à Gilvégane après avoir battu Oméga Mark XII (ou si vous voulez fuir et revenir plus tard). A l'envers, il peut vous servir pour retourner "rapidement" à Oméga Mark XII.