Sora, héros des autres Kingdom Hearts, est un jeune garçon ayant vécu sur l'Ile du Destin avec ses deux amis Riku et Kairi. A la fin du premier, après avoir sauvé les mondes d'Ansem, il voit son ami Riku et le roi Mickey restés dans les ténèbres pour fermer la porte du Kingdom Hearts avec lui. Au lieu de rester avec Kairi sur son île restaurée, il lui tend la main en lui promettant de revenir plus tard. Resté avec ses deux compagnons de route Donald et Dingo, il choisit de partir à la recherche de son ami Riku et du Roi. Dans le Chain of Memories, les trois partenaires se retrouvent dans le château d'Oblivion et affronte des hommes encapuchonnés noirs ; des membres d'une organisation. Une étrange jeune fille, nommée Naminé, ayant certains pouvoirs effacent les souvenirs de Sora au fur et à mesure de l'aventure et remplace son souvenir de Kairi par elle. Sora vient à bout de ces quelques membres, et Naminé touché par ce jeune garçon, l'enferme dans un globe afin qu'il retrouve ses souvenirs à défaut de perdre tous ceux vécus dans ce château.