Après avoir battu le boss final et vu la cinématique de fin, vous aurez la possibilité de commencer une partie en new game+. Vous serez alors dans une difficulté accrue, où les ennemis auront des statistiques augmentées, le leader du groupe aura 2X les points de vie normaux au lieu des 20% supplémentaires du mode normal. La difficulté augmentera à chaque fois que vous finirez le jeu dans une difficulté donnée et, ce, jusqu'à 50 fois. À ce moment-là, les statistiques sont tellement importantes que vous n'êtes pas surs de passer le premier combat. En plus de cette difficulté accrue, vous aurez accès à la porte divine dès le début du chapitre 3, bien que seulement les parties “sons” et “enregistrement”. Vous pourrez en outre changer la musique pendant les combats. En appuyant sur L1, vous aurez la musique des combats de Valkyrie Profile: Lenneth et, sur L2, vous aurez une musique choisie au hasard.