Personnellement, j'ai débuté les boss optionnels après avoir vaincu le boss final, en prenant la nouvelle sauvegarde qui est au bout du donjon Last Lands, juste avant d’aller affronter le boss final. Un vortex se trouve à droite, vous permettant de revenir ici comme bon vous semble, et retournez sur la carte du monde.

A Serandale, allez tout au sud et prenez le pont pour aller à droite. Avancez et prenez le pont en bas pour rejoindre le grand bateau. Parlez au soldat et dites oui pour affronter le premier boss dans une version améliorée :
Schwarzstrom (2) environ 11000 HP

Les trois donjons optionnels renferment tous les boss, que vous pouvez combattre à loisir pour obtenir leurs objets. A chaque palier se trouve un boss (une sorte de boule de feu bleue/rose), que vous pouvez combattre ou non (si vous voulez le boss ultime, tuez les tous). Voici donc l’ordre dans lequel ils apparaissent :

Apparth Ruins

Palier 1 - Jaboo : 807 HP
Palier 2 - Whitewind : 2307 HP
Palier 3 - Primeval Turtoise : 4315 HP
Palier 4 - Wolf Baron : 4615 HP
Palier 5 - Timeslave : 6922 HP

Moolbeld Ruins

Palier 1 - Carboceros Beetle : 2307 HP
Palier 2 - Aurorean Tiger : 4545 HP
Palier 3 - Stout Sheep : 9091 HP
Palier 4 - King Hoppy : 9230 HP
Palier 5 - Rhydderch : 6922 HP

Laniff Ruins

Palier 1 - Dysphormic Monster : 9230 HP
Palier 2 (gauche) - Syg, Tronne et Quotra : 4615 HP x3
Palier 2 (droite) - Grinche : 9230 HP
Palier 3 (gauche) - Hapsper : 6922 HP
Palier 3 (droite) - Freya : 6922 HP
Palier 4 - Time Judge : 8198 HP
Palier 5 - Ruler of Time : 11712 HP (Il faut avoir fait les 7 quêtes des personnages et vaincre tous les boss des ruines pour faire venir ce dernier)