Pour pirater une cible (machine ou verrou) il faut presser la touche Triangle (9S uniquement). Le piratage est un processus assez simple mais il y a plusieurs options possibles, notamment sur des machines :

- En combat, le piratage ne peut provoquer que l'explosion de la cible (retire un certain montant de PV, peut également la détruire).
- Si l'on peut s'approcher d'une cible sans entrer en combat avec elle (si elle est neutre ou par l'arrière sans se faire repérer), le résultat du piratage laisse le choix entre la faire exploser, la dominer ou la contrôler à distance.
- L'explosion inflige des dégâts aux ennemis environnants et détruit la cible (comme en combat).
- Dominer la cible permet de la mettre à ses ordres ; elle vous protégera au combat et attaquera vos ennemis. Vous pouvez dominer jusqu'à 2 cibles en même temps. En dominer une de plus fera exploser la ou les précédentes.
- Contrôler à distance permet de l'employer comme bon vous semble : attaquer un ennemi, la faire exploser, ou pirater d'autres ennemis sans vous faire remarquer (une machine contrôlée ne déclenchera pas de combat avec les machines agressives habituellement en leur passant à côté). Pirater une cible depuis une machine contrôlée à distance a le même effet que de pirater avec 9S ; on peut faire des réactions en chaîne en piratant plusieurs cibles à la suite. Si vous changez de machine contrôlée à distance, la précédente explosera (un trophée est lié à cette action).
- Pour quitter le contrôle à distance d'une machine, il faut maintenir L3+R3 pour qu'elle s'autodétruise ; ou qu'elle soit détruite au combat (ou en sautant dans le vide par exemple). 9S réapparaitra ensuite à la place de la machine.

Le mode Arcade reprend tous les niveaux de mini-jeux de piratage rencontrés au cours de la partie (sur des machines ou coffres verrouillés ; certains niveaux plus élaborés spécifiques à des quêtes principales ou annexes ne sont pas inclus). Disponible à partir de la Route B (9S), le mini-jeu d'Arcade est accessible depuis n'importe quel point d'accès. Le mode entraînement permet de jouer à chaque niveau individuellement, tandis que le mode défi enchaîne tous ceux qui ont été débloqués.
Il y a un total de 48 niveaux à débloquer, et on récupère des récompenses très intéressantes en matériaux tous les X niveaux enchaînés (Il faut battre son record de niveaux enchaînés pour obtenir les récompenses suivantes).
Le niveau débloqué lors du piratage d'une machine étant aléatoire, on ne peut vous indiquer où se trouvent ceux qu'il vous manque. Essayez de pirater toutes les machines que vous rencontrez, et plus particulièrement les boss, modèles "améliorés" et machines rares disponibles plus tard en jeu.

De manière générale :

- Les puces tir et esquive auto fonctionnent en mode Piratage (pas de dash possible) pour la difficulté Facile - le tir auto ne s'active que quand il y a une cible (élément qui doit être détruit). Dans le cas contraire, il vous faudra diriger vous-même le curseur et choisir la direction des tirs (et tirer avec R1).
- Vous possédez 3 vies, un coup subi enlève une vie. Au bout de 3 vies perdues, le piratage est un échec et vous êtes éjecté du niveau.
- Certains niveaux possèdent un compteur de temps, il faut donc parvenir à terminer le niveau avant que le compteur n'arrive à 0. Dans le cas contraire, c'est un échec et vous êtes éjecté du niveau.
- Il faut détruire le ou les orbes noirs (cible) pour terminer un niveau.
- Il peut être protégé par une barrière, ce qui implique de détruire tous les autres éléments destructibles (carrés ou pentagones noirs) du niveau. Il se peut que certains apparaissent au fur et à mesure.
- Les petits cubes noirs sont destructibles mais leur destruction n'est pas indispensable pour terminer le niveau.
- Dans certains niveaux, de gros cubes noirs doivent être détruits pour accéder à l'orbe noir.
- Les pavés noirs fonctionnent comme les cubes noirs et sont destructibles mais sont plus résistants (et donc plus longs à détruire) que les cubes.
- Les cylindres noirs doivent généralement être détruits avant d'atteindre l'orbe noir.
- Les pentagones noirs (qui vous poursuivent et vous attaquent) doivent être détruits pour atteindre l'orbe noir.

Les éléments peuvent se défendre et envoyer plusieurs types de projectiles :
- Des projectiles rouges et noirs, qui avancent en parabole et facilement évitables. Les rouges peuvent être détruits en tirant dessus.
- Des flèches rouges guidées qui vous poursuivent. Il faut les détruire en tirant dessus.

Les éléments indestructibles sont :
- Les cubes rouges infligent des dégâts à leur contact, il faut donc les éviter.
- Les cubes blancs peuvent parfois bloquer le passage, mais disparaissent sous certaines conditions (après un certain temps ou la destruction des autres éléments).
- Certains éléments destructibles possèdent une face blanche, il faut donc leur passer par-derrière pour pouvoir les atteindre.
- Certains éléments sont entourés d'une zone rouge ; ils explosent au bout de quelques secondes, il faut donc éviter de se trouver dans le cercle.