Une Lily est une partenaire qui accompagne Aluche dans ces missions. Combattre ensemble permet d'augmenter vos liens. Elles sont toutes obtenues automatiquement au cours de l'histoire, mis à part une (la dernière).

Durant les batailles, une jauge de tension peut monter en fonction des actions réalisées, comme une double attaque (attaquer en même temps que la Lily ou la revanche, attaquer l'ennemi qui a touché l'autre allié). Quand cette jauge est à fond (5 petites fleurs), vous pouvez lancer une attaque ultime, Lily Burst, qui s'enclenche avec L1 + rond.
Une autre jauge grimpe en fonction d'actions spécifiques à chacune des Lilies, qui permet une fois remplie de lancer une attaque spéciale, Double Chase : il faut appuyer continuellement sur la touche rond pour augmenter la puissance.
Pour finir, elles ont chacune une compétence simple, lancée avec les touches rond et triangle, qui se régénère avec le temps.

Pour augmenter les liens, plusieurs facteurs sont à prendre en compte.
- Partir en mission avec une Lily tout en utilisant ses deux capacités, augmente d'un quart de coeur l'affinité.
- Les quêtes annexes simples des Lilies, comme faire deux Double Chases (fleur blanche) rapportent un demi-coeur.
Cela se cumule donc il est possible de faire trois quart de coeur en une mission par exemple.
- Une fois un coeur rempli, une quête événement de Lily survient (fleur bleue) qui augmente l'affinité d'un cran en faisant cet événement (une grosse fleur blanche). Cela leur permet d'apprendre de nouvelles compétences (2 à chaque niveau).

Les quêtes annexes des Lilies surviennent une fois une terminée, souvent d'un chapitre à un autre, vers la fin elles se suivent directement. Il en est de même pour les quêtes évènements des Lilies, qui peuvent venir qu'une fois un chapitre atteint.