Lors d'une bataille, Zack peut parer avec le bouton triangle, esquiver avec carré, et attaquer avec croix (passez derrière l'ennemi et frappez pour faire des coups critiques. Mais les phases de combat ne se résument pas à cela. Dans le coin inférieur droit plusieurs commandes vous sont proposées, que vous pouvez choisir en utilsant des boutons L et R. Vous avez donc les icônes :
- Attaquer : permet de frapper les ennemis avec l'épée, vous pouvez faire jusqu'à 4 frappes d'affilée pour faire un combo puissant.
- Magie : sélectionnez une des matérias préalablement équipée pour lancer un sort
- Compétence : sélectionnez une des matérias de commande permettant de faire des attaques spéciales ou encore voler.
- Objets : permet d'accéder à l'inventaire des objets consommables.

L'Onde Cérébrale Numérique est une sorte de mécanisme constituée sur trois roues qui s'affiche dans le coin supérieur gauche de l'écran, pendant les combats. Chaque rotation utilise 10 PS. Ce système permet de déclencher des limites, de monter les niveaux de Zack ou encore ceux des matérias.
Elle ne marche plus quand Zack possède moins de 10 PS ou quand il est sous l'effet de l'état Fléau. La roue est imprévisible, et les résultats donnés sont alétoires.

Il existe plusieurs combinaisons de chiffres, qui se déclenchent même si vous ne cumulez pas trois visages identiques.
L´étoile indique n´importe quel autre chiffre sauf 7

7 7 * = Coût PM/PA nul
7 * 7 = Invulnérabilité Physique
* 7 7 = Invulnérabilité Magie
7 * * = Coût PA nul
* 7 * = Coût PM nul
* * 7 = Stoïcisme

7 7 7 = Invincibilité
6 6 6 = SOS
5 5 5 = Invulnérabilité Physique
4 4 4 = Coût PA nul
3 3 3 = Invulnérabilité Magie
2 2 2 = Coût PM nul
1 1 1 = Invincibilité

Bien que cela ne soit pas visible, Zack accumule de l'expérience en combattant ses adversaires, mais il ne change pas de niveau automatiquement. Pour se faire, il faut obtenir un 777 dans la Phase de modulation de l'OCN. Ainsi le hasard peut faire en sorte que vous ayez de l'expérience pour un voir edes niveaux en plus ajouté, lors de l'obtention d'un 777.

Lorsque l'OCN affiche deux nombres identiques entre 1 et 6 pendant une Vague de puissance, la matéria de l'emplacement correspondant monte d'un niveau. Lorsque vous tombez sur trois valeurs identiques, la matérias désignées augmentent de deux niveaux.
Les matérias progressent également pendant une invocation Mog-pouvoir. Le nombre de niveaux gagnés est égal au niveau de l'invocation.

Il y a en tout 18 images OCN, mais vous débutez qu'avec celles d'Angeal et Sephiroth au début du jeu. Vous obtiendrez les autres au cours du jeu et des missions.
Les roues de l'OCN be montrent que des personnages humains. Pour voir les créatures tel que Bahamut ou encore Chocobo, que lorsque les roues déclenchent le mode Invocation ou le Mode Chocobo en Phase de modulation ou encore le mode Génésis.

Bien que l'OCN soit aléatoires, elle est influencée par l'état émotionnel de Zack. Une onde de lumière se trouvant au dessus de l'OCN, vous montre le niveau actuel. Il existe 5 niveaux de la Jauge de limite : Faible, Normal, Forte, Céleste et Astrale.
Vous débutez au stade normal. elle peut descendre si Zack reçoit trop de dégâts. Exécuter une Limite Excès fait descendre un niveau, mis à part celle nommée Bonnes étoiles, qui permet de monter de niveau en fonction du niveau de cette dernière. C'est un bon moyen pour créer plus de chance d'en avoir une.

Durant les phases de modulation, il survient parfois une série d'images ou un extrait de vidéo, tirées de la mémoire de Zack. Ces éléments montrent des moments clés de l'histoire.
Lorsque vous en voyez, cela vous indique que la Limite Excès qui survient aura un bon niveau. De plus, pour atteindre les 100% d'achèvement de l'OCN, il vous faut voir toutes ces éléments visuels pour chaque personnage. Une méthode pour augmenter vos chances d'y parvenir consite à utiliser des matérias mauves reliées à ces Limites. Une fois les 100% atteint, retournez dans le menu OCN pour recevoir une Armure de Genji.

Durant les phases de modulation, si vous alignez trois images identiques, Zack va réaliser une Limite Excès en rapport avec le personnage sur l'image. Il y a cinq niveaux pour chaque limite qui augmentent la puissance de la limite. Voici une explication de chaque limite :